Retour sur les journées scientifiques 2025 du PEPR Agroécologie et Numérique

Ces journées scientifiques ont été l’occasion de partager les avancées des projets en cours, de découvrir les nouveaux projets lauréats de l’appel à projet 2023-2024, de rencontrer et d’échanger avec les jeunes scientifiques financés par le programme (6 présentations et près de 45 posters exposés). Les participants ont notamment activement participé à trois ateliers dont les contenus permettront d’enrichir la dynamique et l’environnement scientifiques proposés par le PEPR. les agroéquipements en soutien de la transition agroécologique, les bonnes pratiques de qualification et de gestion des données issues des travaux de recherche et la sensibilisation à la valorisation des résultats au delà des publications scientifiques.

 

 

Illustrant la diversité des recherches soutenues, ces journées ont permis de réaffirmer l’importance des orientations scientifiques du programme et de montrer que les scientifiques impliqués sont engagés dans la levée de verrous de connaissances. Ces journées ont souligné l'importance de conduire des recherches ambitieuses, à la hauteur des défis à relever pour accélérer la transition agroécologique en mobilisant le numérique.

Parmi les éléments importants partagés lors de ces journées :

• Le numérique sous ses diverses formes a vocation à accompagner la transition agroécologique et doit permettre une transformation des systèmes qui va au-delà d’une optimisation des processus et des méthodologies existantes.
• Le concept de jumeau numérique se déploie en agriculture, ce qui implique d’en comprendre et approfondir les principes, afin d’identifier les cas d’étude où il est approprié de le mobiliser.
• Le secteur des agroéquipements est en forte évolution avec des bénéfices attendus pour l’agroécologie, ce qui nécessite des collaborations accrues avec les agronomes. Le PEPR travaille sur ce sujet en partenariat avec le grand défi de la robotique agricole soutenu par France 2030, en lien avec l’association Robagri.
• L’espace européen de la recherche offre des opportunités de collaboration à saisir sur l’agroécologie et le numérique :
  • Andrea Knierim (University of Hohenheim, membre du Conseil scientifique du PEPR) a présenté les perspectives d’évolution dans le domaine du conseil et de l’innovation dans le monde agricole, mettant en avant le développement soutenu par l’Europe d’approches multi-acteurs qui s’appuient notamment sur l’expertise des agriculteurs (AKIS : Agricultural Knowledge and Innovation Systems).
  • Jesper Stendhal Sørensen (The Danish Agricultural Agency) a présenté le partenariat Européen Agriculture of data, pour lequel plusieurs études de cas sont issues des projets soutenus par le PEPR.

Les trois ateliers ont été des moments marquants de ces journées. Le premier atelier sur les agroéquipements en soutien de la transition agroécologique, a permis de brosser un tableau d’agroéquipements qui seraient à inventer, améliorer, développer pour répondre aux besoins du monde agricole et soutenir les pratiques agroécologiques. Les éléments qui en sont ressortis vont alimenter le groupe de travail démarré en janvier 2025 sur le thème Agroéquipements et Agroécologie, qui est co-animé par le PEPR et le grand défi robotique agricole. Le deuxième atelier a permis la sensibilisation à la valorisation des résultats au-delà des publications scientifiques au travers de témoignages variés et notamment u parcours entrepreneurial d’un chercheur. Des discussions se sont naturellement mise en place sur l’intérêt d’un engagement dans une démarche d’innovation, le parcours et les mécanismes de soutien et d’accompagnement existants. Lors du troisième atelier, les participants ont pu discuter des bonnes pratiques de qualification et de gestion des données issues des travaux de recherche afin d’optimiser la pérennisation et les impacts des projets de recherche.

Pour ouvrir ces journées, Carole Caranta (INRAE), Sophie Proust (Inria) et Philippe Vissac (CGAAER, SGPI) ont replacé les objectifs du PEPR dans le cadre plus large des défis de recherche associés aux enjeux de la transition agroécologique et du numérique. Chacun a souligné les attentes élevées vis-à-vis du PEPR et de ses contributeurs, en matière de résultats pouvant donner lieu à des innovations. Claire Rogel-Gaillard et Jacques Sainte-Marie ont ensuite présenté l’état d’avancement des actions menées dans le programme et les perspectives.

 

Session 1 : Agroéquipements pour l’agroécologie

Cette session a permis d’illustrer les attentes et verrous dans le développement de nouveaux agroéquipements pour des pratiques agroécologiques, en soulignant les besoins des agriculteurs, les réalités économiques pour l’industrialisation de ces outils et les requis techniques pour l’agroécologie.

• Xavier Reboud (INRAE) - Contribution de la technologie et des agroéquipements à la mise en place de pratiques agroécologiques

 

Présentation des trois projets soutenus par le PEPR

• Philippe Martinet (Inria) - Itinéraires agroécologiques innovants exploitant la robotique collaborative – NINSAR – projet lancé en 2023
• Florence Gondret (INRAE) - Intelligence artificielle et nouvelles technologies pour évaluer des indicateurs pertinents de bien-être - WAIT4 
• Ouiddad Labbani-Igbida (Univ. Limoges) - Vers une agroécologie du futur : intégration technologique et modélisation écosystémique pour une gestion adaptative – AGRIFUTUR - Lauréat de l'appel à projets 2023-2024
• Questions-réponses

 

 

 

Session 2 : traitement de données et modélisation

Cette session a démarré par une présentation du concept de jumeau numérique, en rappelant les grands principes et les domaines d’application, faisant ainsi un lien méthodologique avec les deux projets MISTIC (lancé en 2023) et AgriFutur (sélectionné en 2024). Cette session, avec la présentation de cinq projets de recherche, d’un projet d’e-infrastructures sur les données, et de deux projets par des lauréats de l’AAP doc et postdoc 2024, illustre la diversité des sujets portés par l’axe du PEPR dédié au traitement des données et à la modélisation. De nombreux autres projets du PEPR positionnés dans les autres axes thématiques s’appuient aussi sur l’exploitation de données et la modélisation.  

• Johann Bourcier (Université de Pau et des Pays de l’Adour) - Jumeaux numériques

 

• Sophie Martin (INRAE) - Déployer des jumeaux numériques à l’échelle de l’exploitation agricole pour favoriser l’innovation agroécologique – TwinFarms - Lauréat de l'appel à projets 2023

 

• Marguerite Chartois (INRAE) - Ecologie des Communautés et Outils Numériques pour augmenTer la RégulatiOn naturelle des insectes ravageurs en agricuLture – EcoControl - Lauréat de l'appel à projets 2023-2024

 

• Loaï Gandeel (Inria, doctorat) - RootSystemTracker : Méthodes automatiques de reconstruction spatio-temporelle de l'architecture racinaire par IA pour la conception de systèmes agroécologiques - Lauréat de l'appel à projets thèse/post-doc 2024
• Meije Gawinowski (AgroParisTech, post-doctorat) - Méta-modélisation de modèles FSPMs pour l'étude des interactions plante-plante dans les associations colza-féverole : de la plante à la parcelle - Lauréate de l'appel à projets thèse/post-doc 2024

 

• Alexis Joly (Inria) - Nouvelles perspectives sur la caractérisation des maladies des plantes et les associations de taxons basées sur l’apprentissage profond et les sciences participatives - Pl@ntAgroEco

 

• Anne-Françoise Adam-Blondon (INRAE) - Une e-Infrastructure pour accélérer l’utilisation de ressources biologiques diversifiées - BReIF
• Emmanuelle Vaudour (INRAE) - Modélisation des états et dynamiques des écosystèmes – applications aux flux et stock de carbone des écosystèmes modifiés par les activités agricoles – Melicertes
• David Sherman (Inria) - Microbiomes de plantes cultivées et TIC - Mistic 
• Questions-réponses

 

 

Session 3 : Ressources génétiques

Les deux présentations invitées ont permis d’illustrer le rôle central des données, avec d’une part une vision à l’échelle européenne de leur potentiel d’usage en agriculture avec le lancement du partenariat Agriculture of Data et, d’autre part, la nécessité de bonnes pratiques pour les qualifier et les stocker afin de les rendre accessibles et d’en maximiser la valorisation et l’impact. Les résultats des quatre projets lancés en 2023 ont donné un aperçu des avancées en cours :  la caractérisation génomique par séquençage des ressources génétiques animales et végétales domestiquées ; les travaux sur les holobiontes animaux dans une perspective de sélection pour des caractères agroécologiques ; les investissements réalisés pour disposer d’équipements de pointe pour le phénotyage animal et végétal. Cette session a également permis de présenter un projet de thèse lauréat en 2024 ainsi que le nouveau projet ADAAPT qui étudie la variabilité épigénétique au sein d’espèces animales et végétales, en association avec celle des génomes et des microbiomes. 

• Jesper Stendhal Sørensen (The Danish Agricultural Agency) - The European Partnership Agriculture of Data (AgData)

 

• Frédéric de Lamotte (INRAE) - Données et bonnes pratiques 

 

• Laurence Drouillhet (INRAE) - Agroécologie et agriculture numérique via l’épigénétique des animaux et des plantes – ADAAPT - Lauréat de l'appel à projets 2023

 

• Marion Naveau (Institut Agro Rennes, post-doctorat) - Modèles de causalité et intégration de données Omiques pour identifier les déterminants du recrutement du microbiote par la plante - Lauréate de l'appel à projets thèse/post-doc 2024

 

 

• Gwendal Restoux (INRAE) - Caractérisation génomique et fonctionnelle de la diversité des plantes et animaux domestiques comme clé de voûte de l’agroécologie : du génome au phénotype – AgroDiv
• Jordi Estelle-Fabrellas (INRAE) - Les holobiontes animaux : une nouvelle échelle biologique pour explorer la diversité génétique et affiner les stratégies de sélection en agroécologie – Holobionts
• Bertrand Muller (INRAE) - Phénotypage à haut débit des plantes pour l’agroécologie - AgroEcoPhen
• Stéphane Ingrand (INRAE) - Phénotypage animal pour la transition agroécologique des systèmes d’élevage – PATASEL
• Questions-réponses

 

 

Session 4 : Socio écosystème propice aux innovations responsables

La session a été introduite par la présentation d'Andrea Knierim (University of Hohenheim), qui a exposé à l’échelle européenne comment les acteurs du conseil et de l'innovation agricole, ainsi que leur digitalisation, soutiennent les changements de pratiques vers la transition agroécologique.

Les avancées des projets ciblés CoBreeding, CoEDITAg et LINDDA ont été présentées, explorant l’usage du numérique pour la sélection génétique, les coévolutions entre technologies numériques et pratiques agricoles, ainsi que les processus de conception en agroécologie. Le projet BIODICAPT (lauréat de l’AAP 2023-2024) a détaillé sa stratégie de suivi de la biodiversité via un réseau de capteurs en milieu agricole. Enfin, les lauréats 2024 des appels à projets thèses et post-doctorats ont exposé leurs travaux sur la traçabilité numérique, l’assurabilité et le rôle des médias sociaux dans la transition agroécologique. Cette session a illustré des approches complémentaires combinant innovation technologique, évolution des pratiques et transformation des modèles d’organisation.

• Andrea Knierim (University of Hohenheim) - Agricultural advice and innovation support services in the EU, trends and perspectives.

 

 

• Annie Gentes (CY) et Peter Sturm (Inria) - Concevoir l’infrastructure vivante pour un numérique responsable au service de la transition agroécologique – LINDDA 

 

 

• Jeanne Oui (INRAE, post-doctorat) - Traçabilité numérique et travail logistique pour la transition agroécologique des céréales - Lauréate de l'appel à projets thèse/post-doc 2024
    
• Pablo Yepes Llano (INRAE, doctorat) - Assurabilité de la Transition Agro-Ecologique dans un Contexte de Changement Climatique – Lauréat de l'appel à projets thèse/post-doc 2024
    
• Louise Ardoint (INRAE, doctorat) - Agriculteurs et Médias sociaux : Animer des Communautés en ligne pour construire la Confiance et accompagner le développement de l’Agroécologie - Lauréate de l'appel à projets thèse/post-doc 2024

 

• Benoit Ricci (INRAE) - Suivi à grande échelle et par capteurs de la biodiversité support de services écosystémiques pour l'évaluation des systèmes agroécologiques – BIODICAPT - Lauréat de l'appel à projets 2023
• Florence Phocas (INRAE) - Co-conception de schémas de sélection animale et végétale pour améliorer la multi-performance (économique, sociale et environnementale) et développer des productions agroécologiques - CoBreeding
• Pierre Labarthe (INRAE) - Coévolution des équipements, des technologies digitales et des modèles agroécologiques – CoEDiTAg
• Questions-réponses

 

 

Un grand merci à l’Institut Agro de Dijon et à sa directrice Hélène Poirier pour son accueil, ainsi qu’à Agnès Redon pour la coordination sur place dans l’organisation de l’évènement. Hélène Poirier a pu exprimer lors de la clôture des Journées le rayonnement de l’Institut Agro avec de nombreux chercheurs et laboratoires hébergés au sein de l’école et prenant part à plusieurs PEPR dont le PEPR Agroécologie et Numérique.

 

 

 

Des ateliers

Atelier « agroéquipements pour l’agroécologie » animé par Xavier Reboud (INRAE)

Cet atelier suivi par plus d’une soixantaine de participants a eu comme objectif de brosser un tableau d’agroéquipements qui seraient à inventer, améliorer, développer, ce qui a conduit à quelques questionnements sur les attentes et les usages.

Quelques exemples de besoins :

• Travail sur le pastoralisme : développer des outils qui permettent de capter et de transmettre des données sur les animaux en s’affranchissant de la topologie des espaces (par exemple : les arbres masquent les animaux).
• Robots de traite en extérieur utilisables au pâturage.
• Utilisation de drones comme bergers de troupeaux.
• Équipements qui captent des informations à hauteur du sol : capteurs de données de sol avec sa couche microbienne, monitoring de la faune et des insectes.
• Outils de monitoring de la diversité microbienne. 
• Capteurs qui mesurent la teneur en matières organiques avant épandage, afin d’améliorer la précision des informations et de piloter plus finement les épandages.

Quelques questions sur les attentes et les usages

• Créer des robots humanoïdes pour piloter des robots conventionnels ?
• Comment la robotique s’améliore si son adoption augmente ?
• Comment développer le « Robot as a service » ? Contractualisation pour le service fourni par le robot, sans achat du robot.
• Mesurer l’impact environnemental de l’usage des robots et pas seulement celui de leur fabrication
• Quid de la responsabilité dans la prise de décision ?

Ces éléments de discussion vont alimenter le groupe de travail démarré en janvier 2025 sur le thème Agroéquipements et Agroécologie, qui est co-animé par le PEPR et le grand défi robotique agricole.

 

Atelier « innovation et valorisation » avec Clara Bleuven (INRAE), Patrick Armengaud (Inria), Renaud Misslin (MAELAB), Fanny Wacquet (Carnot France Futur Elevage) et Maxence Galdin (ASTRAGAL).

Des témoignages variés sur la valorisation

Trois intervenants aux parcours complémentaires ont partagé leur expérience :

• Fanny Wacquet, directrice adjointe du Carnot France Futur Élevage, a présenté le rôle des Instituts Carnot dans la recherche partenariale. Forte de son expérience en valorisation chez INRAE Transfert, elle a apporté des éclairages sur les opportunités de collaboration public/privé , les dispositifs d’accompagnement existants et l’impact de la valorisation des résultats de recherche.
• Maxence Galdin, responsable du consortium ASTRAGAL, a expliqué le rôle du consortium dans le financement de projets de pré-maturation et maturation, en lien avec la stratégie d’accélération SADEA dont le PEPR Agroécologie & Numérique est un des programmes.
• Renaud Misslin, co-fondateur de la startup MAELAB, a retracé le parcours qui a permis la transformation de travaux de recherche d’INRAE (UMR AGIR et UMR LAE) en une entreprise innovante.

Pourquoi valoriser les résultats de la recherche ?

En ouverture de l’atelier, un sondage réalisé avec 101 répondants a mis en lumière un besoin d’information sur les dispositifs de valorisation : 86 % ont déclaré avoir peu ou pas de connaissances sur ces mécanismes au-delà des publications scientifiques. Plus de la moitié ont également indiqué être peu familiers avec les financements de pré-maturation ou de maturation, le rôle des SATT ou encore celui des Instituts Carnot.

Interrogés sur les bénéfices de la valorisation des résultats de la recherche, les répondants ont souligné plusieurs points clés :

• Faciliter l’application sur le terrain, en rendant les avancées scientifiques directement exploitables ;
• Renforcer l’impact de la recherche dans la société, en diffusant plus largement les connaissances et en créant du lien entre chercheurs et citoyens ;
• Accompagner la transition agroécologique, en soutenant le développement d’innovations adaptées aux défis actuels ;
• Contribuer au financement de la recherche académique, en générant des ressources supplémentaires.

La session de questions/réponses a permis d’approfondir ces thématiques et une synthèse des échanges sera prochainement disponible.

 

Atelier « données et bonnes pratiques » avec Frederic de Lamotte (INRAE) et Eric Maldonado (INRAE).

Lors de cette atelier, riche en discussions, et après une longue journée de partage de connaissances, les animateurs ont brossé un portrait exhaustif des travaux menés par les différents instituts de recherche pour structurer et accompagner les projets dans le stockage et l’archivage des données produites. Les discussions ont été nourries par l’apport de cas concrets et de problématiques existantes autour de la gestion des données. Il a été rappelé l’importance de définir correctement le cycle de vie de la donnée dans les projets, afin d’identifier les problématiques potentielles en amont et responsabiliser les différents utilisateurs d’une donnée. Dans ce cadre, le plan de gestion de données (PGD) a été identifié comme un outil primordial, avec des méthodes, des outils et de l’accompagnement pour le concevoir et le faire évoluer. Avec l’objectif d’entrer dans le concret, une présentation guidée de la plateforme DMP Opidor, dédiée à la réalisation d’un PGD, a permis à tous les participants de repartir avec davantage d’éléments pour améliorer la gestion de la donnée dans leur projet.

 

Des visites

Ces journées se sont prolongées avec une cinquantaine de participants par la visite de deux installations expérimentales du centre INRAE de Dijon.

Centre des Sciences du Gout et de l'Alimentation (plateforme ChemoSens)

ChemoSens est une plate-forme de recherche publique du Centre des Sciences du Goût et de l’Alimentation (UMR CNRS - INRAE - Institut Agro - Université de Bourgogne). Cette visite a permis de découvrir et mieux comprendre les recherches et équipements mobilisés dans ces domaines, plus en aval des productions agroécologiques. Un grand merci à Thierry Thomas-Danguin et ses collègues pour avoir présenté aux participants chacune des composantes de la plateforme, à savoir la spectrométrie de masse utilisée en olfactométrie et gustométrie, les analyses sensorielles et les études du comportement du consommateur, la physiologie associée au goût, et toute l’ingénierie autour de la bouche artificielle.

Plateforme de phénotypage 4PMI

La visite de cette plateforme, un centre de phénotypage végétal de pointe, a permis de découvrir des installations dédiées à l’étude des parties aériennes et racinaires des plantes, notamment grâce aux serres automatisées, aux chambres climatiques et aux fascinants RhizoTubes®. Ses équipements, partie prenante de l’infrastructure PHENOME-EMPHASIS, couvrent l’ensemble du processus expérimental, de la préparation des substrats en passant par le traitement des échantillons et jusqu’au phénotypage de haute précision. Ces dispositifs permettent notamment d’analyser les interactions plante/plante et plante/micro-organismes dans la rhizosphère, ouvrant ainsi la voie à des avancées en sélection variétale et en agroécologie.
Merci à notre guide Christophe Salon pour son enthousiasme et son énergie qui nous a tous embarqué dans le phénotypage de pointe ! 

Bilan carbone de l’événement

Le bilan carbone des Journées annuelles Agroécologie et Numérique est estimé à 16 tonnes de CO₂e, soit environ 100 kg par participant. La répartition des émissions se décline comme suit :

• 75 % liés à l’hébergement,
• 20 % aux transports,
• 5 % à la restauration.

Des efforts avaient déjà été réalisés pour limiter l’impact environnemental : choix de produits locaux et de saison, options végétariennes et utilisation exclusive de consommables réemployables. Pour aller plus loin dans la réduction de notre empreinte carbone lors des prochains événements, nous pourrions :

• Privilégier des hébergements éco-labellisés,
• Maximiser l’usage du train et optimiser le remplissage des véhicules en covoiturage,
• Choisir un repas 100% vegétariens.

Cette évaluation nous permet d’identifier des leviers d’action concrets pour organiser nos prochains évènements.